Cet ordre féminin est fondé par sainte Claire en 1212.

Claire Favarone, jeune fille de petite noblesse d’Assise, a 16 ans lorsqu’elle entend prêcher François d’Assise, fondateur de l’ordre des Cordeliers (ou Franciscains). L’attachement que se portent mutuellement François et Claire décide celle-ci à entrer en religion. La nuit des Rameaux de l’an 1212, elle s’enfuit pour se consacrer définitivement à Dieu. Elle s’installe à Saint-Damien et fonde l’ordre des Pauvres Dames, qui deviendra ensuite celui des Clarisses. La première novice de Claire fut sa propre sœur. La règle officielle n’arriva qu’en 1253 ; les trois vœux sont encore aujourd’hui, pauvreté, chasteté et clôture. Particularité de l’Abbaye Royale du Moncel : elle suit la réforme de l’ordre de Urbain IV (Clarisses Urbanistes) qui exempt les sœurs du privilège de pauvreté.

Le succès de cette branche féminine fut considérable malgré des dissensions internes entre tenantes d’une stricte application de la règle (XVe siècle : réforme de sainte Colette) et partisanes d’un adoucissement, convenant davantage à l’origine noble de beaucoup de sœurs, à commencer par Isabelle de France, sœur de saint Louis et fondatrice de l’ordre de France. L’abbaye du Moncel semble d’ailleurs avoir connu rapidement un relâchement de la discipline et notamment du vœu de clôture.

Au cours des siècles, les Clarisses ont connu des moments de déclin dus à des causes variées : épidémies, guerres, expulsions, essoufflement spirituel, suivis de périodes florissantes. Le XVe siècle constitue une première période d’apogée pour l’ordre, avec le retour de nombreux monastères italiens à la règle de sainte Claire, et la création de monastères suivant la réforme de sainte Colette. Le XVIIe siècle en est une seconde, grâce au renouveau spirituel qui a suivi le Concile de Trente.

En France, la plupart des congrégations de Clarisses ont été dissoutes à la Révolution.